沙俄原本是一个在欧洲活动的国家，在十六世纪之前还没有亚洲据点。从十六世纪下半叶开始，沙俄积极向东扩张。仅仅只用了几十年，就占领西伯利亚。到了崇祯年间，沙俄在勒拿河建立了雅库茨克城，对黑龙江地区虎视眈眈。
顺治六年，在沙俄的批准以及雅库茨克新领导弗兰茨别科的支持下，以哈巴罗夫为首的七十名哥萨克人组成远征队入侵黑龙江流域。在遭遇达斡尔人的抵抗后，哈巴罗夫认为仅仅依靠几十人，是很难取得胜利，于是申请增派人手。最后，沙俄增派两百多人，又发给哈巴罗夫一道沙皇关于“关于远征达斡尔地方”的新指令与一封转交顺治帝的信件。
指令与信口气很大：要顺治“归顺”沙皇，永为“臣子”，如果拒绝归顺，沙俄将动用武力，斩尽杀绝。
次年（1650年），哈巴罗夫带着军队和信件攻取雅克萨。这里原是达斡尔酋长阿尔巴西领地，沙俄占据后，在此处加固城防，作为进一步侵略黑龙江的重要据点。
康熙四年，沙皇任命切尔尼科夫斯基为雅克萨长官。康熙十四年，沙俄将雅克萨划入尼布楚辖区，之后，他们以雅克萨为据点深入黑龙江中下游，进行各种不法活动。
在康熙解决大清内部问题时，沙俄趁火打劫，严重威胁大清安全，双方矛盾进一步深化。
面对沙俄的侵扰，康熙在平定国内叛乱的同时，也在思考应对策略。为了避免军事冲突，康熙试图通过谈判与沙俄交涉，谋求和平解决。
沙俄方面，为了配合侵略活动，假装摆出一幅友好和平姿态，同朝廷交涉时也顺便了解大清，试探康熙的态度，以便更有利地从事侵略活动。
康熙曾命令索伦总管孟格德先后两次派遣其属下沙兰，带着康熙写给尼布楚总管阿尔申斯基的正式文件前往尼布楚，要求沙俄停止对大清的侵略活动。在文件中，康熙还对俄方表示“倘贵国有言词通知我国，可派遣使臣前来与朕面谈”。
康熙九年四月，阿尔申斯基派出以米格万诺夫为首的十人团队来到京城。阿尔申斯基依据沙皇的指示，给米格万诺夫的训令里要求康熙向沙皇纳贡称臣与自由通商。训令里面说道：
“彼等应向博格德汗（俄对大清皇帝的称呼）陈明：诸多国家之国君和国王已率其臣民归依我大君主……彼博格德汗亦求得我大君主……沙皇陛下恩泽归依我沙皇陛下最高统治之下……永世不渝，向我大君主纳贡……双方在境内自由通商。”
这个文件充分暴露了沙皇的侵略野心，米格万诺夫将其递交给清廷。由于当时朝廷没有通晓俄文的翻译员，未能及时地知道文件中的不合理要求，任然友好地接待了俄国使者，还送了不少见面礼。
同时，康熙派索伦总管孟格德携带《致沙皇国书》里明确提出，如沙皇“愿求永远和好”，则必须答应两个条件：
第一，“应还我捕逃根特木耳”；
第二，以后不许侵犯大清疆界。
当时，因阿尔申斯基等不通满文，孟格德就将《致沙皇国书》全部翻译成蒙文，再由阿尔申斯基将蒙文翻译成俄文。之后，这份《致沙皇国书》及其译文转交至沙皇手里。在此期间，阿尔申斯基当面向孟格德做出保证：
如果沙皇允许遣返根特木耳，自当马上送返；并表示他已经照会雅克萨头目不得恣意妄为。
实际上，阿尔申斯基的这番言论纯属谎言，只是敷衍一下大清，根本就没想过兑现。之后，孟格德又多次奔赴尼布楚，要求俄方回复国书中的要求，俄方均不予理睬。
康熙十四年，俄方又派出尼古拉为首的百人代表团出使大清，康熙派理藩院尚书阿穆瑚琅前往索伦与俄使协商。
经过双方谈判，阿穆瑚琅认为，俄方“虽有修好之意，亦不可信”。于是，将尼古拉一行人暂时留在索伦，请朝廷指示。
朝廷大臣鉴于俄方声称因“无人通晓”大清皇帝所给敕书，为此前来咨询详情，进献珍宝，并向皇帝问安，因此允许他们进京。
康熙十五年，俄方尼古拉等人到达京城，向朝廷递交一份国书和一份照会，内容是以通商为中心，并列举十二款，如允许互市，通路开放不绝；每年将四万两左右白银以及丝绸等物品运往俄国等。而对于先前康熙所交涉的问题，则置之不理。
尽管如此，朝廷依旧接待俄方使者。康熙还两次接见俄使，召到御前一起赐茶赐酒，并命令理藩院审议俄方要求。之后，清廷对俄国使者严正宣布：
一、俄国必须归还逃犯根特木耳；
二、不得在边境寻衅滋事；
三、派遣使者，要遵守大清礼法。
所能履行这三条，双方可以和好，正常经商，否则不必遣使前来。
尼古拉在京期间，还与外国传教士串联，获取情报。由此可见，他们出使大清，并不是为了和平，而是别有所图。
尼古拉回国后，沙俄依旧没有任何收敛，不仅对朝廷的要求不予理睬，反而加紧扩张。康熙在同沙俄的交涉中认识到，靠和平协商已经解决不了问题了，得出的结论是：
“若辈非创以兵威，则罔知惩畏，将至蔓延，遂决意征剿。”
所以同沙俄和平沟通时，依据形势的变化，康熙也在准备武力反击沙俄。他曾对臣子说：
“罗刹扰我黑龙江、松花江一带，三十余年，其所窃据，距我朝发祥之地甚近，不速加剪除，恐边徼之民，不获宁息。朕亲政之后，即留意于此。”
康熙将宁古塔将军治所移到乌拉，并修筑城防，就是为了“以备老羌（沙俄）”。在巡视东北等地时，康熙特别留意沙俄问题，经过自己以及大臣的实地考察后，对黑龙江的敌情已经了如指掌，并不断增加军事力量。
经过两次雅克萨之战，沙俄也领教到康熙的厉害。但在此期间，噶尔丹也正在发展势力，与沙俄勾结到一起，对大清北部形成强大压力。
为了粉碎沙俄与噶尔丹的图谋，避免两线作战，求的边界的稳定，康熙期望能够尽快与沙俄达成协议，他一再向沙俄表达出和平的意愿。
沙俄远征克里米亚失败，鉴于俄军在雅克萨已经到了绝境，想继续武力占领黑龙江流域已经不再可能，为了能拜托雅克萨俄军覆灭的危险和丧失已经取得的权益，不得不接受和平谈判。
康熙二十八年，朝廷派出索额图、佟国纲等人组成的代表团，赴尼布楚，与俄方代表团谈判。双方经过多轮的唇枪舌战，在大清让步的情况下签订了《尼布楚条约》。
秋媚说：康熙当时的主要矛头对准着噶尔丹，面对沙俄的入侵，只想尽早解决问题，和平方式无疑是最佳手段。《尼布楚条约》是大清与沙俄在平等的基础上签订的，规定了双方的疆域边界以及各自权益、义务，也为双方争取到一百余年的和平。
很多人在讨论签订《尼布楚条约》的时候都详细的论述了康熙朝内外的具体状况以及对战双方的实力比较等等，在此不做过多的阐述。然而，值得注意的是条约是在双方协商下签订的平等条约，然而为什么造成了不平等的感觉，这与签订条约的过程也有很大的关系，因为这实际上是一个双方博弈的过程，很多利益的取舍都在这其中有变数，最终影响到了条约的最终内容。
当时前往北边商议条约的大清使团中有两个耶稣会的传教士，是作为顾问以及翻译的角色同行的。当谈判陷入僵局的时候，两名传教士作为沟通人员前去，然而并非是完全的站在清朝一方。
徐日升（传教士之一）透露了清朝谈判的底线，说中国皇帝对收回雅克萨这一点是不能让步的，因为中国人已经用武力收回过雅克萨，而且完全有能力再次收回。这两个中国使团的“顾问”随后又向俄国谈判代表建议“自己应当判断，在尼布楚和雅克萨之间，何处可以满意地划作两帝国的边界”。
1689年9月7日，中俄间的第一份边界条约——《尼布楚条约》——终于放上了谈判桌，等待双方使臣签字画押了。就在谈判的最后日子里，两位传教士仍在不遗余力地充当“内鬼”的角色为俄国效劳。《尼布楚条约》实际上有好几个语言的文本，分别是满文本、俄文本和拉丁文本。其中拉丁文本是中俄两国代表共同签署的权威文本。由于中方使团里只有传教士们掌握拉丁文，他们便趁机在拉丁文本里塞进了一些有利于俄方的“私货”。
比如说，传教士们对边界上待议地区的写法就着实给中国留下了后患。在谈判中，中俄双方将外兴安岭与乌第河之间的一片土地留作日后再议。在满文本中，明明白白地写上了“惟乌第河以南、所定之兴安岭（指石大兴安岭，即外兴安岭）以北中间所有地方河溪暂行存放”，方位范围都十分清楚。而在传教士们的笔下，这段文字的拉丁文版本变成了 “惟界于兴安岭与乌第河之间诸川流及土地如何分划，今尚未决”。
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